L’Institut Joan Brudieu de la Seu d’Urgell ha obtingut la certificació ISO 9001:2008 atorgada per l’empresa certificadora Applus. Aquesta certificació ha estat la culminació d’un procés iniciat el curs escolar 2006-07, que, segons assenyalen des del centre educatiu, ha permès establir una metodologia de treball basada en la millora contínua i documentar i establir els procediments per a una millora de la gestió i del funcionament de l’Institut. A Catalunya, actualment, ja existeixen una seixantena d’instituts que han estat certificats en qualitat.
L’Institut va ser inclòs l’any 2006 a petició pròpia en el Projecte de Qualitat i Millora Contínua (PQiMC), del Departament d’Educació de la Generalitat de Catalunya. Aquest projecte té com objectiu ajudar els centres educatius a dissenyar, implantar i millorar contínuament el seu propi sistema de gestió de centre basat en els principis de la qualitat amb la finalitat d’aconseguir l’excel·lència en els resultats i la confiança de l’alumnat, les famílies i les empreses. Aquest projecte agrupa a data d’avui a 105 centres públics que imparteixen Formació Professional. D’aquest centenar de centres, ja n’hi ha 58 de certificats, mentre que la resta es troba en diferents fases del procés.

L’Institut Joan Brudieu va començar el procés amb la creació d’una Comissió de Qualitat i del primer equip de millora. El treball cooperatiu de les persones que n'han format part, desenvolupat durant quatre cursos escolars, ha permès en primera instància revisar tota la documentació del centre i actualitzar-la d’acord a la legislació educativa vigent. En segon lloc ha servit per elaborar una sèrie de documents que descriuen el funcionament del centre i determinen què es fa, com es fa i qui és el responsable de totes les activitats del centre, així com també permeten mesurar de manera objectiva el desenvolupament d’aquestes activitats.