En cas que es produeixi qualsevol mena de conflicte en l’aplicació de l’Acord entre Andorra i la Unió Europea es tractarà a la comissió mixta i aquesta té sis mesos per trobar una solució. Si no s’arriba a una entesa, l’última paraula la tindrà el Tribunal de Justícia de la Unió Europea, ja que la part afectada pot portar el cas al tribunal a l’espera que la demanda sigui admesa a tràmit.
Si una de les parts considera que la decisió és desproporcionada pot passar a la tercera instància que seria portar el cas a un Tribunal d’Arbitratge que pot modular una sentència, però en cap cas eliminar-la. Aquest tribunal estarà format per 15 persones, cinc per la part d’Andorra, cinc per San Marino i cinc per la Unió Europea.

En cas de dubte per part dels tribunals andorrans per interpretar l’Acord, aquests poden demanar una qüestió prejudicial al TJUE, però la resolució s’haurà de complir tal com la dicti l’organisme europeu.

Qualsevol operador nacional, és a dir, una persona física té oberta la via per portar casos al TJUE, tot i que Riba recomana «portar-ho a Govern i passar per la via interna de l’Acord», explicant que «si trobem una via fora de la judicial potser serà més fàcil».

Sobre possibles afectacions o canvis en l’Acord, el secretari d’Estat per a les Relacions amb la UE ha explicat que cada adhesió d’un estat membre a la Unió Europea suposarà una revisió de l’Acord d’associació.